Pedro Martins Beja studierte Regie an der Hochschule für Schauspielkunst Ernst Busch in Berlin. Erste eigene Regiearbeiten waren „The Cocka Hola Porno LookALike“ nach Matias Faldbakken, „4.48 Psychose“ von Sarah Kane (eingeladen zum Körber Studio Junge Regie 2010 in Hamburg) und „Die Kontrakte des Kaufmanns“ an der Schaubühne Berlin. 2011 erhielt er für seine Inszenierung des Stückes „Autofahrt ins All“ von Paul Wierbinski bei dem Wettbewerb Text trifft Regie am Staatstheater Mainz den Preis für die beste Regie. Am Theater Osnabrück inszenierte Pedro Martins Beja in der Spielzeit 2011/12 die Spieltriebe 4- Produktion „Wartopia“ sowie „Der Geizige“ nach Molière in der Bearbeitung von Peter Licht. 2013 inszenierte er ferner „Sleepless in my Dreams – Ein Dornröschen-Erweckungskuss“ von Gerhild Steinbuch am Schauspiel Frankfurt, „Unter Eis“ von Falk Richter am Düsseldorfer Schauspielhaus und „Hundeherz“ nach Michail Bulgakow am Theater Neumarkt in Zürich. Darüber hinaus arbeitete er am Schauspielhaus Wien, am Theater Osnabrück und am Luzerner Theater, wo er 2014 für die Uraufführung von Daniel Mezgers „Nachruf oder Jung sterben hat mich auch nicht besser gemacht“ verantwortlich war.